Seit 2005 leitet Filzmaier das Department für Politische Kommunikation an der Donau-Universität Krems und hat seit 2006 den Lehrstuhl für Demokratiestudien und Politikforschung inne. Seit 2010 ist er zudem Professor für Politische Kommunikation an der Karl-Franzens-Universität Graz. Filzmaier ist geschäftsführender Gesellschafter des Instituts für Strategieanalysen (ISA) in Wien.
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